东京奥运会及残奥会的全部日程已经结束，今后的焦点将转移到奥运会收支的确定上。很多场馆以无观众的形式举行比赛，预计金额为900亿日元的门票收入基本化为乌有。亏空不可避免，估计东京奥组委、东京都政府、日本中央政府将在12月之前围绕填补亏空问题展开协商。
东京奥运会及残奥会的很多场馆举行比赛时无观众入场
“今后将在年度收入和支出两方面进行彻底调查。目前难以告知规模”，在9月6日召开的记者会上，东京奥组委秘书长武藤敏郎在被问及门票收入减少等产生的亏空额时如此回答。他表示，到明年3月的年度末就可以确定决算的大致框架，将与东京都和中央政府进行协商。
奥运会开幕前，东京奥组委就曾预测门票收入将锐减至几十亿日元左右。这意味着在奥组委的7210亿日元总收入中，1成以上将消失。
因新冠疫情导致奥运会延期1年，已经采取了从赞助商那里征集追加赞助金等措施。目前的情况是，基本没有增收空间，出现亏空已经很难避免。
东京都和国际奥委会（IOC）签订了举办城市合同。按规定，如果东京奥组委陷入资金不足，首先将由东京都来填补亏空。如果仍不能完全弥补亏损金额，将由日本政府来承担。
东京都之前为了防控新冠疫情投入了巨额费用，财政状况紧张。东京都考虑要求日本政府帮助填补亏空，但日本政府始终保持慎重姿态，协调方面可能遇到难局。
关于三方协商的时间，东京奥运会相关人员表示“估计到12月左右”。如果产生新的负担金额，需要反映到东京都和日本政府的预算中。预计在12月下旬日本政府确定下年度预算方案之前，将确定奥运会决算的大体数目，并协商分担。
最高人数达到约7千人的东京奥组委工作人员到10月将压缩至约1100人，负责包括保管记录等善后工作。考虑到拆解临时搭建设备及恢复设施原状等需要的时间，确定最终决算“只能等到明年4月以后”（武藤）。将决算汇报给理事会以后，预计东京奥组委明年6月解散。
由于奥运会延期后人工费增加及新冠疫情防控措施等，奥运会预算新产生2940亿日元的支出，支出总额达到1万6440亿日元。
东京奥组委就建设奥运会相关设施等与民间企业签订了大量合同。东京都为了能够事后核查奥运会运营情况，2020年3月实施了保管和继承东京奥组委文件的条例。使用公款的奥运会的支出是否合理，需要事后进行核查。
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